RA-1. Genome Data Infrastructure & Digital Biobank

Research Area > Bioinformatics, Data Science, and Artificial Intelligence > Genome Data Infrastructure & Digital Biobank

Genome Data Infrastructure & Digital Biobank

Nilai jangka panjang sebuah pusat unggulan tidak hanya terletak pada koleksi kulturnya, tetapi pada seberapa baik data di baliknya dikurasi dan dapat ditemukan kembali. Sub-area ini membangun tulang punggung data CoE IBR-GS: basis data genom, katalog kultur digital, dan tata kelola yang memenuhi standar internasional sekaligus melindungi kepentingan nasional.

01

Lingkup Kegiatan

Perancangan dan pengembangan basis data genom serta katalog koleksi kultur CoE IBR-GS yang terhubung dengan data laboratorium basah.

Biobank digital: pencatatan metadata sampel, ketertelusuran asal-usul (provenance), riwayat preservasi, dan integrasi dengan sistem informasi laboratorium (LIMS).

Penerapan prinsip FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) dan standar metadata MIxS/MIMAG agar data CoE IBR-GS dapat dipertukarkan dengan basis data internasional.

Interoperabilitas dan deposit terkelola ke NCBI/ENA serta GBIF, dengan atribusi institusional yang konsisten.

Portal publik dan dasbor visualisasi keanekaragaman mikroorganisme indigenos Indonesia.

Tata kelola akses dan pemenuhan Protokol Nagoya serta regulasi nasional tentang akses sumber daya genetik dan pembagian keuntungan.

Otomatisasi alur masuk data (data ingestion) hasil sekuensing agar kurasi tidak menjadi beban manual.

02

Metode & Perangkat Utama

PostgreSQL MongoDB Django / FastAPI Docker Git RO-Crate Darwin Core Open API
03

Luaran yang Ditargetkan

↗
Portal Basis Data Genom

Portal basis data genom CoE IBR-GS.

↗
Katalog Kultur Daring

Katalog koleksi kultur yang dapat diakses secara digital.

↗
Tata Kelola Data

Kebijakan dan prosedur operasional tata kelola data.

↗
Sitasi Basis Data

Sitasi basis data sebagai luaran riset tersendiri.

KETERKAITAN DENGAN RISET INTI COE IBR-GS

Memori Institusional CoE IBR-GS

Menjadi memori institusional CoE IBR-GS. Seluruh data Geiser Cisolok dan eksplorasi berikutnya bermuara di sini.